Die heutige Kirche stammt hauptsächlich aus dem 17. Jahrhundert. Ein Vorgängerbau ist 1566 auf der Karte von Philip Apian verzeichnet. Die Geschichte der Schlagenhofener Kirche und ihres Friedhofs reicht allerdings noch viel weiter zurück. Bei Renovierungsarbeiten stieß man auf Holzspuren einer frühmittelalterlichen Kapelle. Nach Joseph Dillizer war St. Michael in Schlagenhofen um 1800 die „erste Filial zur Pfarr Ining, ein sehr abgelegener Ort von 57 Seelen. Liegt in Mitte zwischen Seefeld und Ining, doch etwas seitwerts. Der Ort hat doch sein eigenes Gotteshauß, auch Begräbnüß, und einige bestimmte feyerliche Gottesdienste…“

Neben den Figuren des Hl. Sylvester, Rochus, Ulrich und Sebastian fallen vor allem die zwei Darstellungen des Erzengels Michael, des Patrons der Kirche, auf. Eine von ihnen stammt aus dem 15. Jahrhundert. Der Heilige, der u.a. den Teufel besiegt haben soll, wurde u.a. zum Schutz vor Seuchen wie der früher oft alles zerstörenden Pest angerufen. An der Nordwand der Kirche ist eine Darstellung der Mutter Gottes zu sehen: Sie stammt aus dem 15. Jahrhundert und war vermutlich bereits in der Vorgängerkirche. Den Kranz bekam Maria erst in der Barockzeit. Seit man denken kann, betet man in Schlagenhofen zum gewohnten Rosenkranz einen Anhang mit fünf Vaterunsern und Gegrüßt-seist-Du-Maria sowie den Zusätzen: „die rechte Hand verwundt ist worn, linke Hand, rechter Fuß, linker Fuß, Herz verwundt ist worn“.

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